Benedikt IX. mal okolo 20 rokov, keď mu vysoká pozícia jeho rodiny a peniaze zaistili pápežský trón. Stalo sa to r. 1032. Ako pápež viedol roztopašný život. Rímsky ľud ho r. 1044 vypovedal z mesta. Za pápeža (protipápeža) zvolili Silvestra II. Benedikt IX. nasledujúci rok znova získal pápežskú moc a o mesiac neskôr ju predal Jánovi Graciánovi, ktorý sa stal pápežom ako Gregor VI. Imperátor Svätej Rímskej ríše Henrich III. zvolal synodu do Sutri, na ktorej zosadili všetkých troch uchádzačov o pápežský tón a zvolili Klementa II., ktorý zomrel r. 1047. Benedikt IX. sa znova dostal k moci a udržal si ju do júla 1048, keď ho opäť vyhnali. Pápežom sa stal Damaz II. Benedikt sa utiahol v samote na rodinný majetok. V roku 1049 bola zvolaná synoda, na ktorej odsúdili simóniu – svätokupectvo. Benedikt bol exkomunikovaný. Lev IX. možno z neho stiahol exkomunikáciu tesne pred Benediktovou smrťou v r. 1055/1056.